Диссертации и авторефераты Украины
Перейти на каталог
Каталог диссертаций

Я ищу:
Диссертация / Автореферат

Диссертационная работа:

Коваленко Оксана Петрівна. Порівняльне вивчення просторової структури тРНКser і тРНКleu із Thermus thermophilus і ділянок їхнього контакту з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами: дисертація канд. біол. наук: 03.00.03 / НАН України; Інститут молекулярної біології і генетики. - К., 2003.

Скачать диссертацию *

* Ссылка размещена на правах рекламы



Аннотация к работе:

Коваленко О. П. Порівняльне вивчення просторової структури тРНКSer і тРНКLeu із Thermus thermophilus і ділянок їхнього контакту з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами. - Рукопис.

Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 03.00.03 - молекулярна біологія. - Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ, 2003.

Дисертаційна робота присвячена дослідженню просторової структури прокаріотичних тРНКSer і тРНКLeu у розчині, а також ділянок контакту цих тРНК з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами, що важливо для вивчення структурних основ функціонування тРНК ІІ класу. В результаті проведеної роботи визначено нуклеотидні послідовності тРНКSer(GCU), тРНКSer(GGA) і тРНКLeu(CAG) із T.thermophilus. Методами хімічної модифікації встановлено фосфатні залишки і азотисті основи, що беруть участь у формуванні просторової структури цих тРНК. Показано різну орієнтацію довгої варіабельної гілки стосовно "тіла" молекули, а також відмінності в організації корових триплетних взаємодій в тРНКSer і тРНКLeu. Методом хімічної модифікації визначено ділянки контакту тРНКSer і тРНКLeu з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами. Показано, що серил-тРНК синтетаза взаємодіє з тРНКSer боку варіабельної гілки, яка є основною ділянкою контакту. Лейцил-тРНК синтетаза взаємодіє з тРНКLeu з боку D-гілки та утворює контакти з фосфатами нуклеотидів-учасників корових триплетних взаємодій, що дозволило висунути припущення про важливу роль знайдених відмінностей в побудові корових частин тРНКSer і тРНКLeu для впізнавання лейцил-тРНК синтетазою.

У дисертаційній роботі досліджено просторову структуру прокаріотичних тРНКSer і тРНКLeu у розчині, а також ділянки контакту цих тРНК з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами, що важливо для вивчення структурних основ функціонування тРНК ІІ класу.

  1. Методом швидкого гель-секвенування встановлено нуклеотидні послідовності двох ізоакцепторних тРНКSer і однієї тРНКLeu із екстремального термофілу Thermus thermophilus. Виявлено характерну для прокаріотичних тРНКSer і тРНКLeu будову D-петлі і варіабельного стебла, які важливі для формування особливої просторової структури цих тРНК.

  2. Визначено рівень модифікації залишків фосфорної кислоти етилнітрозосечовиною, залишків гуанозину і цитидину - диметилсульфатом, аденозину - діетилпірокарбонатом у тРНКSer(GCU) і тРНКSer(GGA) і виявлено нуклеотиди, які беруть участь у підтриманні просторової структури цих тРНК. Показано відповідність внутрішньомолекулярних взаємодій в ізоакцепторних тРНКSer, що свідчить про значну подібність їхніх просторових структур.

  3. Показано загальну відповідність просторової структури тРНКSer(GGA) у розчині та у кристалі комплексу тРНКSer(GGA) - серил-тРНК синтетаза.

  4. Визначено рівень модифікації специфічними хімічними реагентами залишків фосфорної кислоти і азотистих основ у тРНКLeu із T.thermophilus та проведено порівняння з відповідними узагальненими даними, одержаними для тРНКSer T.thermophilus, що дозволило встановити відмінності в реакційній здатності фосфатів нуклеотидів, розташованих в основі варіабельного стебла в тРНКSer і тРНКLeu, а також виявити відмінності в реакційній здатності основ нуклеотидів - учасників корових триплетних взаємодій.

  5. Методом хімічних модифікацій виявлено залишки фосфорної кислоти тРНКSer, реакційна здатність яких знижена у присутності серил-тРНК синтетази із T.thermophilus, і встановлено, що основною ділянкою взаємодії з ферментом є варіабельне стебло. Показано відповідність ділянок контакту тРНКSer із серил-тРНК синтетазою в розчині та у кристалі.

  6. Визначено залишки фосфорної кислоти тРНКLeu, реакційна здатність яких зменшується при утворенні комплексу з лейцил-тРНК синтетазою із T.thermophilus. Показано, що фермент взаємодіє з тРНКLeu з боку D-петлі та утворює контакти з фосфатами нуклеотидів-учасників корових триплетних взаємодій, що дозволило висунути припущення про важливу роль знайдених відмінностей в побудові корових частин тРНКSer і тРНКLeu із T.thermophilus для впізнавання лейцил-тРНК синтетазою.

Список опубликованных работ по теме диссертации:

  1. Петрушенко З.М., Коваленко О.П., Мальченко Н.Н., Крикливый И.А., Яремчук А.Д., Тукало М.А. Первичная структура тРНКSer из Thermus thermophilus //Биополимеры и клетка.- 1997.- Т. 13, № 3.- С.202-208.

Особистий внесок дисертанта - визначення нуклеотидних послідовностей тРНКSer(GCU) і тРНКSer(GGA) із T.thermophilus методом швидкого гель-секвенування.

  1. Коваленко О.П., Петрушенко З.М., Мальченко Н.Н., Крикливый И.А., Яремчук А.Д., Тукало М.А. Изучение участков взаимодействия тРНК2Ser из Thermus thermophilus с серил-тРНК синтетазой методом химической модификации // Биополимеры и клетка. - 1997. - Т. 13, № 4. - С. 298 - 302.

Особистий внесок дисертанта - визначення реакційної здатності фосфатних груп тРНКSer(GGA) в присутності серил-тРНК синтетази із T.thermophilus.

  1. Коваленко О.П., Петрушенко З.М., Крикливый И.А., Яремчук А.Д., Тукало М.А. Сравнительное изучение реакционной способности остатков фосфорной кислоты, входящих в состав тРНКSer и тРНКLeu из Thermus thermophilus // Биоорг. химия. - 1999. - Т. 25, № 10. - С.768-773.

Особистий внесок дисертанта - визначення реакційної здатності фосфатних груп в тРНКSer(GCU) і тРНКLeu(CAG) із T.thermophilus.

  1. Коваленко О.П., Крикливий І.А., Тукало М.А. Вивчення елементів просторової структури тРНКSer Thermus thermophilus у розчині // Биополимеры и клетка. - 2000. - Т. 16, № 2. - С. 115-123.

Особстий внесок дисертанта - визначення реакційної здатності фосфатних груп і азотистих основ, що входять до складу тРНКSer(GCU).

  1. Коваленко О. П., Крикливий І. А., Тукало М.А. Участь азотистих основ у формуванні просторової структури тРНКLeu із Thermus thermophilus // Біополімери і клітина. - 2003. - Т. 19, № 2. - С. 151-156.

Особистий внесок дисертанта - визначення реакційної здатності азотистих основ, що входять до складу тРНКLeu(CAG) із T.thermophilus.

  1. Tukalo M., Yaremchuk A., Krikliviy I., Egorova S., Gudzera O., Petrushenko Z., Mal'chenko N., Kovalenko O., Cusack S. The structural basis for the specific recognition of Thermus thermophilus aminoacyl-tRNA synthetases for their tRNA // Meeting of International Research Scholars from the Baltics, Central Europe, and Former Soviet Union . - Prague (Czech Republic). - 1996. - P. 32.

Особистий внесок дисертанта - визначення нуклеотидної послідовності двох ізоакцепторних тРНКSer із T.thermophilus методом швидкого гель-секвенування; визначення ділянок контакту тРНКSer з серил-тРНК синтетазою із T.thermophilus.

  1. Tukalo M., Kovalenko O., Yaremchuk А., Egorova S., Krikliviy І., Cusack S.. Comparative studies on the structural basis for the specific recognition of Thermus thermophilus tRNALeu and tRNASer by cognate aminoacyl-tRNA synthetases // Meeting of International Research Scholars from Belarus, Czech Republic, Estonia, Hungary, Latvia, Lithuania, Polland, Russia, Slovak Republic, and Ukraine. - Moscow (Russia). - 1999. - P. 45.

Особистий внесок дисертанта - визначення нуклеотидної послідовності тРНКLeu із T.thermophilus; визначення реакційної здатності фосфатних залишків в тРНКLeu і тРНКSer із T.thermophilus; визначення ділянок контакту тРНКLeu і тРНКSer з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами.

  1. Kovalenko O., Krikliviy I., Yaremchuk A., Tukalo M. Comparative studies of the tertiary structure of T.thermophilus tRNASer and tRNALeu and the sites of interaction with cognate aminoacyl-tRNA synthtases by chemical modification methods // 18-th tRNA Workshop "tRNA 2000". - Cambridge (United Kingdom). - P. 20.

Особистий внесок дисертанта - визначення реакційної здатності фосфатних залишків і азотистих основ в тРНКLeu і тРНКSer із T.thermophilus; визначення ділянок контакту тРНКLeu і тРНКSer з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами.

  1. Коваленко О.П., Крикливий І.А., Яремчук Г.Д. Порівняльне вивчення просторової структури і ділянок контакту тРНКSer і тРНКLeu із Thermus thermophilus з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами / Матеріали VIII Українського біохімічного з'їзду // Український біохімічний журнал. - 2002. - Т. 74, № 4б (додаток 2). - Чернівці (Україна). - С. 36-37.

Особистий внесок здобувача - визначення реакційної здатності фосфатних залишків і азотистих основ в тРНКLeu і тРНКSer із T.thermophilus; визначення ділянок контакту тРНКLeu і тРНКSer з гомологічними аміноацил-тРНК синтетазами.


Меню
Реклама



2006-2009 © Диссертации и авторефераты Украины